U niektórych osób, które wyzdrowiały z Covid-19, pozostałość genetyczną Sars-CoV-2 można nadal wykryć kilka tygodni po ustąpieniu infekcji. Pomysł, że może to być spowodowane Koronawirusy są przenoszone do ludzkiego DNA, wysoce niekonwencjonalne. Jak dotarłeś do śledztwa?
Siedziałem z moim starym przyjacielem i kolegą Rickiem Youngiem na małej wyspie w Maine przy lampce wina i puszczaliśmy myśli. Słyszeliśmy o odzyskanych pacjentach z Covid, u których ślady materiału genetycznego Sars-CoV-2 wykryto kilka tygodni po chorobie i zastanawialiśmy się, dlaczego. Ponieważ wcześniej zajmowaliśmy się retrowirusami, które są regularnie włączane do genomów ich gospodarzy, w końcu wpadliśmy na ten pomysł: A ​​jeśli SARS-CoV-2 również mógłby nimi zarządzać?

Ale SARS-CoV-2 nie jest retrowirusem, brakuje mu narzędzi do przepisania genomu wirusa, RNA, w DNA, a następnie wstawienia go do ludzkiego DNA. Jak koronawirusy mają to zrobić bez tego specjalnego sprzętu?
Z elementami genomu ludzkiego pozostałymi po poprzednich infekcjach retrowirusowych – takimi jak retrotranspozon LINE1, fragment genomu, który może się replikować. Zawiera plan białka zwanego odwrotną transkryptazą, które może transkrybować RNA do DNA. Enzym robi to za pomocą schematu LINE1 i pobliskich fragmentów ludzkiego RNA – lub fragmentu RNA wirusa, jeśli wszystko wydarzyło się w zakażonych komórkach. Jest on dołączany do sekwencji LINE1, co stwarza możliwość jego włączenia do ludzkiego genomu.

[Wenn Sie alle aktuellen Entwicklungen zur Coronavirus-Pandemie live auf Ihr Handy haben wollen, empfehlen wir Ihnen unsere App, die Sie hier für Apple- und Android-Geräte herunterladen können]

Czy wiesz to na pewno?
I. Podążaliśmy całą ścieżką. Pierwotnie wykryliśmy mieszany RNA tylko u zakażonych osób, niektórych wirusów i innych. Nie przekonało to jeszcze wielu kolegów. Okazuje się, że wirusowe RNA i ludzkie RNA mogą również łączyć się podczas izolacji z komórek. W tym przypadku nasze odkrycie byłoby niczym innym jak artefaktem laboratoryjnym, który nie występuje naturalnie. Dlatego w ciągu ostatnich kilku miesięcy poświęciliśmy dużo czasu na badanie różnych etapów procesu utrwalania w komórkach. Między innymi przyjrzeliśmy się również bezpośrednio DNA komórek wcześniej zakażonych wirusem i jednocześnie uzupełniliśmy je elementami LINE1. Znaleźliśmy tam nie tylko sekwencje wirusów, ale także sekcje bezpośrednio do nich przylegające, które mogły zostać wygenerowane dopiero po połączeniu transpozonów odwrotnych.

Ale jeśli komórki są zaopatrzone w dodatkową ilość LINE1 i części genomu wirusa są włączone do DNA, nie oznacza to, że dzieje się tak również w normalnych warunkach, bez tego biochemicznego wzmocnienia.
To prawda, dlatego zbadaliśmy również zakażone komórki bez sztucznego zwiększania elementów LINE1. Mieli mniej części zintegrowanego genomu wirusa, ale mieli je również.

Jakie są składniki genomu wirusa?
Często znajdowaliśmy składniki białka N – białka wewnątrz wirusów, które pomaga w montażu ich RNA. Jest rzeczą zrozumiałą, że pojawia się to często, co jest kwestią prawdopodobieństwa, ponieważ ogromna większość kopii tego RNA jest obecna podczas tworzenia wirusa.

Czy to naprawdę może wyjaśnić, dlaczego geny wirusa utrzymują się u niektórych osób, które tak długo wyzdrowiały? Testy reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) nigdy nie wykrywają całego wirusa, a jedynie krótkie ekstrakty o długości kilkudziesięciu bloków. Jeśli połączono tylko części wirusa, czy to musi być duży zbieg okoliczności, że ten fragment wszystkich rzeczy zawierał krótką sekwencję wykrytą w testach PCR?
Z pewnością rzadko się spotykają. Ale oznacza to po prostu, że w materiale genetycznym niektórych komórek musi być wiele przypadków osób z fragmentami wirusa w materiale genetycznym po zakażeniu. W niektórych przypadkach nie są one wykrywane, ponieważ sekcja wykryta przez PCR nie została w ogóle uwzględniona. Dzieje się tak częściowo dlatego, że komórki błony śluzowej gardła użyte w rozmazie mogą nie przetrwać zintegrowanej sekwencji wirusa.

Jakie komórki mogą zawierać fragmenty wirusa?
Wirus może atakować nie tylko płuca, ale także wiele różnych typów komórek, takich jak jelita, wątroba i serce. Nie wiemy jeszcze, czy integracja wirusa może również wystąpić w tych komórkach.

Ale nawet gdyby tak się stało, większość zainfekowanych komórek i tak by umarła?
Wydaje się, że prawie wszystkie dotknięte chorobą komórki płucne obumierają, więc zmiany w materiale genetycznym rzadko są tu trwałe. W innych tkankach może być inaczej. Badamy to teraz.

U pacjentów z Long Covid znaleziono przeciwciała, które wchodzą w interakcje z własnymi komórkami pacjenta iz koronawirusami. Czy może to być reakcja na mieszane białka, które powstały w wyniku integracji białek wirusowych i ludzkich z genomem?
Zauważyłem też pracę. Zakładając, że ludzkie geny uzupełnione elementami budulcowymi wirusa będą wytwarzać białka powierzchniowe komórek, niektóre z wzorców własnego ciała, a inne z wzorców wirusowych, można by oczekiwać paradoksalnej reakcji układu odpornościowego. Białko, które łączy w sobie właściwości wirusowe i tkankowe organizmu, może również wywołać reakcję immunologiczną skierowaną przeciwko organizmowi. Mógł – to tylko spekulacje.

Istnieją pewne wskazania, że ​​Long-Covid jest reakcją autoimmunologiczną. Powodem może być to, że pozostałości wirusa są zasiedlone w genomach wielu odzyskanych ludzi?
Jak powiedziałem, to tylko przypuszczenie, nadal nie możemy nawet oszacować, jak często żyją komórki z takim wirusem. Ale można sobie wyobrazić.

Jeśli wirusowe RNA może dostać się do genomu, czy RNA ze szczepionki Biontech i Moderna Covid-19 również zaginie w genomie?
Myślę, że jest to mało prawdopodobne, ale nie można tego wykluczyć.

Ale nie zbadałeś tego, czy spekulujesz tutaj?
Tak. Każdy rodzaj RNA w komórce ma zdolność dostania się do genomu i jest to prawdopodobnie całkowicie naturalny proces biologiczny. Ale ważne jest, aby podkreślić, że Szczepienia zawierają znacznie mniej RNA niż infekcje – miliony lub miliardy razy mniej. Tak więc inkorporacja RNA szczepionki jest znacznie mniej prawdopodobna. A jeśli tak się stanie, nadal się nie martwię. Szczepienie może działać lepiej, jeśli białko szczepionki jest obecne przez dłuższy czas. W każdym razie, w porównaniu do wszystkiego, co dzieje się w organizmie z infekcją SARS-CoV-2, to i tak jest to bardzo niskie ryzyko, właśnie dostałam drugie szczepienie w zeszłym tygodniu – bez żadnego teoretycznego bólu brzucha.